Tidak sedikit umat islam menolak tudingan agama islam agama intoleran. Mereka selalu mengatakan bahwa islam adalah agama toleran, yang menghargai perbedaan. Sering islam moderat menyangkal kalau Allah SWT hanya menghendaki islam saja. Biasanya mereka mendasarkan argumennya pada QS 42: 8, yang sayangnya hanya dikutip sebagian saja, alias tidak utuh. Mereka mengatakan, “Sekiranya Allah menghendaki, niscaya Dia jadikan mereka satu umat.” Dengan dasar ini umat islam menyatakan bahwa mereka mengakui adanya perbedaan, dan terhadap perbedaan itu islam selalu mengedepankan toleransi. Argumentasi di atas sangatlah lemah, karena seperti yang telah dikatakan tadi, kalimat di atas tidak utuh dikutip.
