Tidak sedikit umat islam menolak tudingan bahwa agama merupakan agama intoleran. Mereka selalu mengatakan bahwa islam adalah agama toleran, yang menghargai perbedaan. Sering islam moderat menyangkal kalau Allah SWT hanya menghendaki islam saja. Biasanya mereka mendasarkan argumennya pada surah an-Nahl: 93, yang sayangnya hanya dikutip sebagian saja, alias tidak utuh. Mereka mengatakan, “Jika Allah menghendaki niscaya Dia menjadikan kamu satu umat (saja).” Dengan dasar ini umat islam menyatakan bahwa mereka mengakui adanya perbedaan, dan terhadap perbedaan itu islam selalu mengedepankan toleransi. Namun sayang argumentasi ini sangatlah lemah.
